Ранее наиболее распространенной версией названия, которая передавалась по цепочке сетевых и печатных СМИ, было "Индиана Джонс и город Богов". Создатели фильма не стремились опровергать эти предположения. Более того, чтобы еще больше запутать зрителей и журналистов компания Lucasfilm зарегистрировала в середине августа в американской Ассоциации кинематографии целых шесть предварительных названий:

1. "Индиана Джонс и город Богов"
2. "Индиана Джонс и Разрушитель миров"
3. "Индиана Джонс и четвертый угол Земли"
4. "Индиана Джонс и королевство хрустального черепа"
5. "Индиана Джонс и потерянный Золотой город"
6. "Индиана Джонс в поисках Завета"

Однако 9 сентября на церемонии MTV Video Music Awards Шайа Ла Беф, считающийся одним из самых перспективных молодых актеров Голливуда и играющий к тому же одну из главных ролей в картине, объявил во всеуслышание, что Стивен Спилберг и Джордж Лукас остановили свой выбор на "Индиане Джонсе и королевстве хрустального черепа".